Het orgel van de Marekerk heeft een geschiedenis op zichzelf. Het bovendeel is oorspronkelijk afkomstig uit het koor van de Pieterskerk (te Leiden). Reeds in 1400 bevond zich namelijk in de Pieterskerk, behalve een groot, ook een klein orgel. De bekende orgelbouwer Jan van Covelens verrichtte in 1529 diverse werkzaamheden aan laatstgenoemd instrument. Er zijn aanwijzingen dat de orgelbouwer Pieter de Swart het orgel in 1566 stevig vernieuwde. In 1629 werd het orgel omgebouwd door Jan Jacobszn. van Lin. Rond 1680 verrichtte de orgelbouwer Van Duyschot omvangrijke werkzaamheden aan het instrument. Het orgel verhuisde in 1733 naar de Marekerk en werd in 1735 vergroot door de orgelbouwer Rudolph Garrels. Rond 1781 vond een vernieuwing en herstelling plaats door Hendrick Hess. Tussen 1869 en 1872 is het orgel weer verbouwd door de orgelbouwers N.A. Lohman en J. Schaaffeld. De laatse vergroting dateert van 1965 en is uitgevoerd door orgelbouwer D.A. Flentrop. Het orgel telt 29 stemmen, verdeeld over drie klavieren. De wapens op het orgel zijn van kerkmeesters uit 1733.

Het orgel is in 2009 grondig gerenoveerd door de firma Verschueren Orgelbouw. Daarbij is de situatie van 1966 als uitgangspunt genomen. In 2011 is het register scherp vervangen door een nieuw exemplaar in bijpassende factuur, gemaakt door de firma Verschueren.

De vaste organist van het Garrelsorgel in de Marekerk is Adriaan Hoek.